矿坑花园是四季特色和单位面积植物种类最丰富的专类园,是上海乃至华东地区颇具特色的对废弃矿坑进行生态修复的模版,由镜湖区、台地区、望花区和深潭区组成。设计将场地中的后工业元素、辰山文化与植物园的特性整合为一体。镜湖区倒映着辰山山体,恍若水天一色。台地区以铁锈钢板覆盖部分区域,配以错落有致的青石台阶,演绎出山与石的刚毅。望花区多栽种地被草花,四季繁花似锦、色彩艳丽。深潭区更是鬼斧神工,此处建有水帘飞悬、雾气弥漫的瀑布景观,其下为采石场遗址的矿坑深潭,游客可由嵌在崖壁上的入口构筑物,沿着曲折的山崖栈道往下走,亲临深潭水面,穿过由石梁开凿而成的“一线天”,并沿水面浮桥绕过潭中孤岛,进入贯通东面岩石药用植物园的山中隧道。